Σύμφωνα με τον μύθο, η Σαντορίνη αναδύθηκε από τα βάθη της θάλασσας – άποψη που δικαιολογείται από τη διαχρονική δραστηριότητα του υποθαλάσσιου ηφαιστείου και τη γεωλογική μορφολογία του νησιού. Ίχνη ζωής έχουμε από την Πρώιμη Εποχή του Χαλκού, στα μέσα της τρίτης χιλιετίας π.Χ. Από τη Μέση Εποχή του Χαλκού (1900-1600 π.Χ.) οι ενδείξεις πληθαίνουν και μαρτυρούν μεγάλη ανάπτυξη. Στην περιοχή του Ακρωτηρίου υπήρξε ένας προϊστορικός οικισμός με πολύ σημαντικό λιμάνι. Η μεγάλη έκρηξη του ηφαιστείου της Ύστερης Εποχής του Χαλκού (1600 π.Χ. περίπου) έθαψε τον οικισμό αυτόν κάτω από 30 μέτρα τέφρας.
